Meerklank werkt met twee onderwijsteams: kleuters en onderbouw, midden- en bovenbouw. De betreffende medewerkers hebben overleg met elkaar zodat zij elkaar kunnen bevragen en inspireren en elkaars expertise kunnen delen. Elk team is verantwoordelijk voor de organisatie van het onderwijs aan alle leerlingen van het betreffende team: het werken aan de leerdoelen en de pedagogisch-didactische aanpak (de onderwijsleeromgeving) die voor de verschillende leeftijdsgroepen worden gebruikt om de leerlingen tot ontwikkeling te brengen. De onderwijsteams betrekken hierbij de klasteams en de intern begeleider, schoolpsychologen en/of schoolleider. Waar nodig informeren of betrekken zij ook de ouders/verzorgers.
Verschillen kunnen zich o.a. uiten in de manier waarop instructie wordt gegeven, de materialen die worden gebruikt en de methodieken die worden ingezet. Daarnaast is er verschil in aanspreektoon en voor de meeste leerlingen in de mate van de geboden nabijheid. In de bovenbouw is er voor een deel van de dag een splitsing, waarbij de leerlingen worden geplaatst in groepen die meer gericht toewerken naar de uitstroom. Het vastgestelde ontwikkelingsperspectief van de leerlingen is doorslaggevend bij plaatsing in een van de bovenbouwgroepen.
